Shintaroh Kubo

Shintaroh Kubo

Postdoctoral Researcher

McGill University

Biography

I am currently a postdoctoral researcher at McGill University in Canada. I have started my current job since April 2020 by JSPS overseas fellowship. My research interests include functional mechanisms of a molecular motor (Dyenin, Kinesin, FoF1 ATPase) and microtubules, and development of AFM-image analysis technology. I use molecular dynamics simulation (CafeMol & GROMACS) and Monte Carlo simulation. Additionally, I study structural modeling and structural analysis of the cryo-EM images using Coot and RELION.

Interests

  • Molecular motor (e.g. dynein, kinesin, FoF1 ATPase)
  • Computational modeling
  • Molecular dynamics simulation

Education

  • PhD of Science, 2020

    Kyoto University

  • Master of Science, 2017

    Kyoto University

  • Bachelor of Scinece and Technology, 2015

    Sophia University

Skills

awk

100%

molecular dynamics simulation

100%

Computational modelling of cryo-EM structures

10%

Experience

 
 
 
 
 

Postdoctoral Researcher

McGill University

Apr 2020 – Present Montreal

Responsibilities include:

  • Analysing
  • Modelling
  • Programming
  • Computer Simulation
 
 
 
 
 

Invited Researcher

McGill University

Apr 2019 – Sep 2019 Montreal
Simulate microtubules innner protein dynamics.

Presentations­

Oral Presentation

「細胞内で二足歩行運動する分子モーター(ダイニン)の歩行運動メカニズムの解明」

久保進太郎、高田彰二 第83回形の科学シンポジウム、2017/6/11

「細胞質ダイニンの運動メカニズムに関する理論研究」

久保進太郎 第11回京阪奈計算生物物理学セミナー、2018/3/22

「Foモーターの回転機構に関する分子シミュレーション研究」

久保進太郎 第8回分子モーター討論会、2018/11/24

Poster Presentation

(International Conference)

“Allosteric conformational change pathway of Cytoplasmic dynein revealed by coarse-grained molecular simulation”

Shintaroh Kubo, Wenfei Li, Shoji Takada Dynein2017, 2017/10/29 ~ 11/1

“ALLOSTERIC CONFORMATIONAL CHANGE PATHWAY IN CYTOPLASMIC DYNEIN REVEALED BY STRUCTURE-BASED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS”

Shintaroh Kubo, Wenfei Li, Shoji Takada Biophysical Society 62nd Annual Meeting, 2018/2/21

“The mechanism of conformational change in cytoplasmic dynein revealed by coarse-grained MD simulation”

Shintaroh Kubo, Wenfei Li, Shoji Takada Cytoskeltal Motors Gordon Research Conference, 2018/7/8 ~ 7/13

“Bi-pedal motions of cytoplasmic dynein via theoretical modeling”

Shintaroh Kubo, Shoji Takada Okazaki Conference, 2018/8/31 ~ 9/2

“The mechanism of ATP synthase Fo motor rotation coupled with proton-transfer revelased by molecular dynamics simulation”

Shintaroh Kubo, Toru Niina, Shoji Takada The 1st International Symposium on Molecular Engine, 2020/1/8

“How Rib43a and Acetylation of K40 Control the Rigidity of Microtubules”

Shintaroh Kubo, Ahmad Khalifa, Muneyoshi Ichikawa, Daniel Dai, Corbin S. Black, Katya Peri, Shun Kai Yang, Javier Vargas, Khanh Huy Bui 2nd Annual CRBS Symposium 2020, 2020/11/09

“How Rib43a and Acetylation of K40 control the rigidity of Microtubules”

Shintaroh Kubo, Khanh Huy Bui, Muneyoshi Ichikawa, Abdelzaher Zaki Khalifa, Daniel Dai, Corbin Black, Katya Peri, Shun Kai Yang, Javier Vargas EMBO Workshop: In situ Structural Biology - From Cryo-EM to Integrative Modelling, 2020/12/6 ~ 12/8 (48)

“How Rib43a and Acetylation of K40 Control the Rigidity of Microtubules”

Shintaroh Kubo, Ahmad Khalifa, Muneyoshi Ichikawa, Daniel Dai, Corbin S. Black, Katya Peri, Shun Kai Yang, Javier Vargas, Khanh Huy Bui 65th Biophysical Society Annual Meeting, 2021/02/22 ~ 02/26, (02/24, 848-Pos)

(国内学会) in Japan

「分子動力学計算を用いた細胞質ダイニンの構造変化経路に関する構造解析」

久保進太郎、高田彰二 第17回日本蛋白質科学、2017/6/21

「細胞質ダイニンの一方向輸送性能に関する分子シミュレーション研究」

久保進太郎、高田彰二 第11回分子科学討論会、2017/9/16 優秀ポスター賞受賞

「細胞質ダイニンの歩行運動の異方性に関する理論的研究」

久保進太郎、高田彰二 第55回日本生物物理学会、2017/9/19

「ATP合成酵素Foモーターの回転機構に関する分子シミュレーション研究」

久保進太郎、高田彰二 第18回日本蛋白質科学会、2018/6/26

「細胞質ダイニンの二足歩行メカニズムに関するマルコフ状態モデリング」

久保進太郎、高田彰二 第56回日本生物物理学会、2018/9/16

「分子シミュレーションによるATP合成酵素Foモーターの回転機構研究」

久保進太郎、新稲亮、高田彰二 第41回日本分子生物学会、2018/11/29

「ATP合成成酵素F O モーターのプロトン共役回転運動機構に関するMC/MD」

久保進太郎、新稲亮、高田彰二 第13回分子科学討論会、2019/9/17

「細胞質ダイニンの微小管結合ドメインに依存する運動方向性に関する研究」

久保進太郎、島知弘、昆隆英、高田彰二 第57回日本生物物理学会、2019/9/25 学生発表賞受賞

「ATP合成酵素におけるFoとF1の共役機構に関する粗視化MD計算研究」

久保進太郎、新稲亮、高田彰二 第42回日本分子生物学会、2019/12/5

Recent Posts

カフェ in Canada

インスタ等SNSでは言いにくい事も書いていく場所

紅葉

メープル街道とトランブラン山のケーブルを満喫

Toronto 2021

While I stay in McGill Univ.

金沢

行った事ある店とか場所とか買ったものとかを覚えている範囲で

McGill生活

カレールーは固体なので手荷物可です

Projects

*

Dynein

Two-head motor walking to the minus end of MT.

FAP77

MIPs MAPs, Binding surface between A-MT and B-MT of doublet MT.

FoF1 ATPase

To be synthesis and hydrolysis ATP.

K40

Acetylated 40th LYS (K40) have some essential role for MT stability.

Kalman filter

Improvement AFM image by Kalman Filter.

Kinesin

Two-head motor walking to the plus end of MT.

rib43a

MIPs, Binding inner MT.

Awarded

  • 上智大学学業優秀賞、上智大学、2014年 (Excellent academic award of Sophia University, for the Science of Design, 2014)
  • 上智大学学位記受領副代表者、上智大学、2015年(Deputy representative of the diploma awarded of Sophia University, 2015)
  • 第一種奨学金「特に優れた業績による返還免除(半額)」, 独立行政法人日本学生支援機構、2017年
  • 分子科学会優秀ポスター賞、分子科学会、2017年9月 (11th Molecular Science Debate, Best Poster Award, 2017)
  • 若手研究者海外挑戦プログラム、日本学術振興会、2018年 (JSPS Overseas Challenge Program for Young Researchers)
  • 学生発表賞、日本生物物理学会、2019年9月 (57th Annual Meeting of the Biophysical, Student Presentation Award, 2019)
  • 京都大学理学研究科基金奨学金、京都大学、2019年
  • 海外特別研究員、日本学術振興会、2019年 (JSPS Overseas Research Fellowship)
  • 第一種奨学金「特に優れた業績による返還免除(全額)」, 独立行政法人日本学生支援機構、2020年
  • 特別研究員、日本学術振興会、2020年 (JSPS Research Fellowship)

Recent Publications

Quickly discover relevant content by filtering publications.

Cooperation among c-subunits of FoF1-ATP synthase in rotation-coupled proton translocation

Role of bacterial RNA polymerase gate opening dynamics in DNA loading and antibiotics inhibition elucidated by quasi-Markov State Model

Remodeling and activation mechanisms of outer arm dynein revealed by cryo-electron microscopy

Contact

  • 3640 University Street, Montreal, Quebec H3A 0C7
  • Strathcona Anatomy Dentistry Building, Room W309
  • Monday 10:00 to 13:00
    Wednesday 09:00 to 10:00